O Sistema Tributário Nacional, complexo e inseguro, contribui para com as dificuldades estruturais, burocráticas e econômicas que oneram excessivamente a produção no Brasil e afetam a competitividade do setor econômico. Para o setor cooperativo, a pendente regulamentação do adequado tratamento tributário ao ato cooperativo, previsto na Constituição Federal, agrava a insegurança jurídica e a instabilidade econômica nas cooperativas. A reiterada inobservância da tributação adequada acarreta arrecadação excessiva sobre as cooperativas e as embaraça no cumprimento das obrigações acessórias fiscais, culminando, assim, em autuações fiscais e multas. Somam-se às dificuldades apresentadas, as constantes alterações nos incentivos e benefícios fiscais ao setor agropecuário que implicam no aumento do custo de produção, na redução da rentabilidade no meio rural e na baixa do resultado da atividade em margens mínimas ou até negativas.