O sistema sindical cooperativista é composto pela Confederação Nacional das Cooperativas (CNCoop), entidade sindical de grau superior e âmbito nacional; por seis federações e por cerca de 43 sindicatos que atuam em defesa dos interesses da categoria econômica das cooperativas. Cabe a CNCoop coordenar e integrar as suas entidades de base, auxiliando em negociações coletivas de trabalho, prestando assistência em questões judiciais e administrativas relativas à matéria sindical e trabalhista, assumindo todas as prerrogativas de uma confederação patronal. Como forma de propiciar um ambiente de segurança jurídica para o ramo agropecuário na seara trabalhista, a CNCoop está atenta as discussões que envolvem o setor, atuando na defesa dos interesses da categoria econômica das cooperativas.